En Acerca de la cultura nacional y latinoamericana (2000) trata el tema de la Nación, sus raíces y el Continente: las regiones de la Argentina y el concepto de América Latina y su cuestionamiento desde el pensamiento posmoderno. Validez del 'discurso latinoamericano'.

Su gran estudio de la actualidad política y social es La encrucijada argentina. Verdad y mentira del sueño peronista (2008). Dijo Luis Chitarroni: "Escrito desde el compromiso con las contradicciones argentinas, este ensayo inteligente y osado visita las fantasías y las frustraciones del país y las analiza con una inteligencia, una sensibilidad y un conocimiento admirables".

Núñez participó en congresos organizados por el Centro de Ciências Humanas e Sociais de la Universidade Federal do Mato Grosso do Sul (Brasil) en 2008 y 2010, y dirigió –en colaboración– la publicación de dos volúmenes con una selección de los trabajos presentados; se difundieron en 2010 en coedición con la editorial de la Universidade Federal de Grande Dourados.